Wichtig: Alle aufgeführten Ausstellungsräume befinden sich auf dem Gelände des ehemaligen Ghettos in der Hauptfestung und behandeln dessen Geschichte (die Ausstellungen in der Kleinen Festung sind hier nicht mit aufgelistet).
Das Ghetto-Museum
Die erste Etage des Ghetto-Museums gibt einen grundlegenden Überblick über die Verhältnisse im Protektorat Böhmen und Mähren und beschäftigt sich zum Großteil mit dem jüdischen Ghetto Theresienstadt. Außerdem ist die Ausstellung über die Kinder von Theresienstadt im Erdgeschoss ein außergewöhnliches Zeugnis des Lebens als Jugendliche*r während der Shoah.
„Kunst im Ghetto“ – Ausstellung in der ehemaligen Magdeburger Kaserne
Diese Ausstellung beinhaltet eine Übersicht über das reiche kulturelle Wirken vieler Komponist*innen, Schriftsteller*innen, Schauspieler*innen, Maler*innen und Musiker*innen im Ghetto Theresienstadt. Diese versuchten, ihre Situation in ihre Werke einfließen zu lassen. Am Anfang der Ausstellung ist der Nachbau einer Unterkunft zu besichtigen.
Im Hof der Magdeburger Kaserne gibt es die bemerkenswerte Ausstellung „Wahrheit und Lüge“ – das Filmen im Ghetto Theresienstadt. Schwerpunkt dieser Ausstellung sind Dokumentar- und Propagandafilme, die im Ghetto aufgenommen wurden.
Jüdische Betstube und Nachbau einer Unterkunft
In einem ehemaligen Zivilhaus Theresienstadts sind sowohl eine original erhaltene Betstube aus der Ghettozeit als auch ein anderer Typ der Unterkunftsmöglichkeiten in ehemaligem Ghetto zu besichtigen.
Theresienstädter Transporte
Ein kleines Häuschen in der Nähe des ehemaligen Bahngleises, durch das die Transporte in und aus dem Ghetto strömten, bringt den Besucher*innen nicht nur die Organisierung der Transporte näher, sondern vermittelt auch die Gefühle der deportierten Menschen. Bestandteil der Ausstellung ist auch die online zugängliche Datenbank, in der die Besucher*innen nach Namen und weiteren Angaben ehemaliger Ghettoinsas*innen suchen können.
Zeremonienräume und zentrale Leichenhalle des Ghettos
Die Ausstellung, welche das Thema der letzten Momente im Leben der Ghettoinsass*innen fokusiert, befindet sich in den ursprünglichen Räumen der zentralen Leichenhalle und der Zeremonienräume. Diese liegen am Rande der Stadt im Südteil von den Festungsmauern.
Krematorium und der Jüdische Friedhof
Das Krematorium mit dem anliegenden Jüdischen Friedhof befindet sich außerhalb der Hauptfestung, etwa einen halben Kilometer vom Gelände des ehemaligen Ghettos entfernt. Im Objekt des Krematoriums sind die Öfen sowie der Seziersaal original erhalten. Zu besichtigen ist hier auch eine Ausstellung mit dem Thema Mortalität und Bestattung im Ghetto.